New York'ta bir hayvanat bahçesinde baslayan filmde zebra Marty yapay hayvanat bahçesi ortaminda bunalip dogaya geri dönmek istemektedir.

Arkadaslari olan aslan Alex, zürafa Melman ve hipopotam Gloria her ne kadar Marty'yi durdurmaya çalissalar da Marty kaçmanin bir yolunu bulur. Sonra birden kendilerini Dogada bulurlar.

Bu sefer de yolculuk sirasinda penguenler kafeslerinden kurtulurlar ve gemiyi kaçirip Antartika'ya yöneltmeye çalisirlar. Ancak hayvanlarin bulundugu kutular denize düser ve kendilerini Madagaskar adasinda bulurlar.Ama ordan çikamamislardir...